Полезла в свою почту, посмотрела настройки. Все-таки склоняюсь к версии фильтров. Попробуй зайти в Настройка Почты -- Фильтры, создай новый фильтр (если нет созданного тобой по ошибке) и посмотри в разделе "Переместить в папку". Должно быть "Входящие". Если есть созданный фильтр, то либо измени его, либо удали.
Коряво, наверное, объяснила, но, надеюсь, понятно))
Не уверена, что смогу помочь конкретным советом, но примерно представляю, чем это может быть вызвано. Войди в настройки (справа вверху на странице Яндекса) и посмотри в разделе "Фильтры". В новой версии почты есть такая новинка, как создание фильтров при поступлении почты. Скорее всего, ты нажала случайно на эту ссылочку. Очень надеюсь, что смогла тебе помочь хоть отчасти!